Siad Barre szomáliai elnök elleni fegyveres harcok 1988 májusában kezdõdtek el. A Somali National Movement (SNM) Siad Barre ellen már tíz éve harcolt, amikor 1991 januárjában Berberában összejövetelt tartottak a klánok (shir). Öt hónappal késõbb ugyanilyen klán gyûlést rendeztek Buraoban, amelynek folyamán  - a lakosság nyomására -  az SNM kikiáltotta „Somaliland” függetlenségét. A határvonalat az egykori brit Somaliland mintájára húzták meg. Somaliland függetlenségének kihirdetése sem az ENSZ-nek, sem pedig az Afrikai Egység Szervezetének (OUA) nem tetszett, mivel az sértette a Charta 2. cikkelyét. Az Arab Liga sem fogadta örömmel a tagállamának területi egységét sértõ Somalilandot. Az már csak növelte a függetlenségi harcok elleni ellenszenvet, hogy a harcok során több százezer ember vált hajléktalanná. Somaliland függetlensége óta viszonylagos békében él, s az egyetlen olyan afrikai „ország”, melynek nincsen külsõ adósága. Helyzetét azonban nagy mértékben rontja, hogy a nemzetközi közösségek nem ismerik el állami státuszát.

Mindeközben Szomáliában a fõleg klán alapon szervezõdõ fegyveres milíciáknak végül 1991-ben sikerült megdönteniük Barre elnök hatalmát. A United Somali Congressnek (USC) ugyan elfoglalta Mogadishut, de a legfontosabb fegyveres csoport két külön frakcióra bomlott szét: a Mahdi Mohamed és a Mohamed farah Aideed vezette frakciókra. A két nagy, illetve több kisebb csoport között kemény harcok kezdõdtek, amely 1992-ben az ENSZ beavatkozásához vezetett. 

Az országban tomboló éhínség arra buzdította az Amerikai Egyesült Államok vezette mûveleteket (Operation Restore Hope), hogy a humanitárius segélyszervezeteket fegyveres erõkkel segítsék. Ilyen körülmények között az amerikai csapatok gyakran kemény összeütközésekbe kerültek több szomáliai csapattal, elsõsorban Aideed csapatával. Az amerikaiak többek között ebbõl az okból kifolyólag megpróbálták elfogni Aideedet, de ez csak több száz szomáliai civil meggyilkolása árán sikerült. Ezt követõen az amerikai csapatokat feloszlatták.

Az ENSZ megpróbált Szomáliában humanitárius segítséget nyújtani, illetve közvetíteni a szemben álló felek között 1995 márciusáig, amikor az ENSZ is kivonult az országból. A világszervezet békemissziója tûz alá került, s 151 ENSZ-katona életét vesztette. Miután az ENSZ otthagyta Szomáliát, a becslések szerint az éhínség következtében mintegy 300-500.000 ember halt meg. 

Etiópia támogatásával több vezetõ egyetértett egy Nemzeti Megmentõ Tanács létrehozásában. A nemzeti megbékélést azonban gátolta, hogy Kenya támogatásával és Hussein Aideed  (néhai Mohamed Farah Aideed fia) kisebb rivális csoportok alakultak. Mivel a két frakció nem tudott megegyezni, az Európai Unió visszautasította a Szomáliának szánt segítséget. 

A klánok vezetõi végül Egyiptomban találkoztak, s megegyeztek abban, hogy 1998 tavaszán egy ideiglenes kormányt, valamint Nemzetgyûlés állítanak fel. Az „újraegyesítõk” ideája egyszerû volt: van egy szomáliai állam ami eltûnt, tehát újra kell egyesíteni. (Idõközben ugyanis nemcsak Somaliland vált függetlenné, hanem a sokkal nagyobb gazdasági sikernek örvendõ Puntland is Abdullahi Youssouf vezetésével.) Az újraegyesítés ötletét az Arab Liga, Egyiptom, Olaszország, valamint diszkréten az ENSZ is támogatta. Azonban az senkinek nem jutott az eszébe, hogy feltegye a kérdést: miért tûnt el Szomália egysége? Márpedig e kérdés hiánya vezetett az ENSZ 1992 decemberi, majd 1995 márciusi bukásához. Az állam ugyanis, mint egy, a klánok felett álló egység teljesen idegen a szomáliai kultúrában. Ebbõl a megvilágításból sohasem vizsgálták meg a problémát, soha nem keresték Szomália felbomlásának mélyebb okait. A nyugati értelemben vett „állam” értelmezése mérföldekre volt a Somalilandban és Puntlandban kreált „regionális adminisztráció” lényegétõl. A „regionális adminisztrációk” ugyanis nem állnak a klánok felett, és megfelelõ egyensúlyt tudnak biztosítani a különféle alklánok között. Nem csoda, hogy 1997 végén újra fellángoltak a harcok, amelyben több mint 2000 ember vesztette életét, s több mint százezren váltak hajléktalanná. A gyors segítségnyújtás ekkor is a szomáliai frakciók egymás elleni küzdelme gátolta. 

1998-ban rosszabbodott a helyzet, amikor hat éven belül az éhínség újra felütötte fejét. Az év végére Szomáliának még mindig nem volt központi kormánya, csak a különféle milíciák harcoltak az ország ellenõrzéséért. 

1999-ben az elõbbi évekhez hasonló szõrnyûségek sújtották Szomáliát. Hussein Aideed fegyveres erõi Mogadishu déli övezetének nagy részét, valamint északi és nyugati hátországát, beleértve a stratégiailag fontos Baidoa várost tartották ellenõrzésük alatt: ezt júniusban  - etiópiai katonai segítséggel -  egy Aideed-ellenes fegyveres csoport súlyos áldozatok árán, de megszerezte. Ez az esemény új fejezetet nyitott a szomáliai polgárháború tíz éves történelmében: az Eritreával háborúban álló Etiópia ekkor nyitotta meg második, szomáliai frontját. A konfliktust így nem csupán az Eritrea-Etiópia háború kiszélesedése, de egy, az etiópiai határ menti hegyekben aktivizálódó iszlám fundamentalista csoport támadásai is bonyolították. Az iszlámisták célja a szomáliaiak által elfoglalt etióp területek felszabadítása volt. A csoport vezérét azonban júliusban egy Aideed által ellenõrzött övezetben gyilkolták meg Mogadishuban. 

Augusztusban úgy tûnt, hogy az ország belefáradt a háborúskodásba. Egy önmagát kinevezõ iszlámista bíróság is alakult, ami ugyan klán alapokon szervezõdött, fegyveres csoporttal rendelkezõ bíróság volt, mégis a rend (és nem a terror) megteremtését tûzte ki célul. A bíróság vezetõje úgy nyilatkozott, hogy választások megrendezését tervezik. „Mindannyian szomáliaiak vagyunk, muszlimok. Egy központi kormányra van szükségünk.” a javulásra mutató jel volt az is, hogy októberben 1993 óta elõször látogatott magas rangú ENSZ hivatalnok Szomáliába és kijelentette: sajnálja, hogy az országot hanyagolják a nemzetközi közösségek. 

A bíztató jelek ellenére a törzsi hadviselés folytatódott, és az ENSZ is felfüggesztette munkáját az ország déli részén, miután egy orvost és két segélyaktivistát meggyilkoltak. Október végére  - miután az ország több helyein béketüntetések voltak -  újabb kemény összecsapásokról érkeztek hírek.

Bay és Bakol déli régióiban a Rahanwein Resistance Army (RRA) felszabadította a Hussein Aideed milíciái által elfoglalt területeket, s autonóm adminisztrációt vezetett be decemberben. Aideed ettõl függetlenül folytatta az ellenállást. 

Mogadishuban végül a frakciók vezetõinek sikerült felállítani egy adminisztrációs bizottságot, de abban nem tudtak megegyezésre jutni, hogy ki elnökölje a gyûléseket.
 

Fejlemények

2000 januárjában olyan hírek érkeztek, hogy az északi területekben elültek a harcok, de délen továbbra is folytatódott a konfliktus. Az afrikai vezetõk igyekeztek megvitatni a válságot. Dzsibuti elnöke javasolta egy átmeneti kormány és egy törvényhozói tanács felállítását, hogy a békéhez vezetõ utat megkönnyítsék Szomáliában. Az ENSZ egyetértet a dzsibuti elnök javaslatával, és beleegyezett abba, hogy képviselõt küld Dzsibutiba, aki asszisztálna egy megbékélést elõmozdító konferencia megszervezésében. Bár a kezdeményezések pozitív közeljövõ látszatát keltették, valójában Szomáliában ekkor is folytak a harcok, amelyekben gyakran a polgári lakosság esett áldozatul. 

Februárban a hírügynökségek arról számoltak be, hogy az Iszlámista Bíróság katonái által támogatott Hussein Aideed és a Rahanwein Resistance Army közötti összeütközések „komoly szenvedést” okoznak az ország déli részein élõ falusi népesség számára. A hírek szerint Aideed milicistái  - a másik fegyveres csoporttal vívott harc elveszítése esetén -  elrabolják, zaklatják, megfélemlítik, meggyilkolják, megkínozzák és megerõszakolják a civil lakosságot. Egyes hírek szerint ez a csoport még nevet is változtatott (Rahanwein Salvation Army) annak érdekében, hogy tetteit elrejtse. A hírügynökségeik dolgozóit pedig arra kényszerítik, hogy riportjaikból hagyják ki a kényesebb részeket. 

A szomáliai helyzet jelenleg elsõsorban azért ad okot aggodalomra ,  mert az erõszakos támadások meggátolják a humanitárius segítségnyújtást: számos támadás érte a segélyaktivistákat és azok konvojait.